ناصرالدینشاه در تدارک برگزاری جشن پنجاهمین سال سلطنت خود بود که در ۱۷ ذیالقعده ۱۳۱۳ قمری برابر با ۱۲ اردیبهشت ۱۲۷۵ شمسی با سه گلوله میرزا رضا کشته شد.
منابع و پژوهشهای تاریخی آوردهاند که ناصرالدینشاه یک روز پیش از سالروز به تخت نشستنش برای زیارت و حضور بر مزار همسر محبوبش به حرم عبدالعظیم (ع) در ری رفته بود که به قتل رسید و، چون تا آن زمان آرامگاهی برای ناصرالدینشاه درنظر گرفته نشده بود، تا مدتها (در برخی منابع اشاره شده تا یکسال) جنازهاش در تکیه دولت نگهداری شد. سپس ناصرالدینشاه را در اتاقکی که مقبره جیران (همسر محبوب شاه) قرار داشت و به جهت آرامگاه شاه بزرگتر شده بود، دفن کردند. بر قبرش، سنگ نفیس حجاریشده نصب کردند که او را تمامقد نقش کرده است. این سنگ تا فروردینماه سال ۱۳۵۸ برقرار بود تا اینکه در جریان تخریب قبر رضاشاه پهلوی در حرم عبدالعظیم، از این محل جابهجا شد. نام آرامگاه هم که به جهت دفن آیتالله کاشانی به مقبره آیتالله کاشانی تغییر داده و آثار ناصری نیز محو و معدوم شد.
از سنگ قبر ناصرالدین شاه تا دهه ۷۰ خبری نبود تا با گشایش کاخ گلستان به روی مردم، این سنگ پس از ۱۷ سال (طبق مستندات کاخ) به نمایش گذاشته شد که هماکنون در خلوت کریمخانی کاخ گلستان قابل بازدید است.
یک پژوهشگر مطالعات ایرانشناختی و میراث فرهنگی که در اینباره پژوهش داشته، درباره محل قرار گرفتن قبر ناصرالدینشاه پس از محو شدن آثار ناصری و تغییراتی که در حرم عبدالعظیم ایجاد شد، گفته است: اتاقک مقبره ناصری تا اواسط دهه ۶۰ محفوظ ماند، اما در دهه ۶۰ دیوارهای جناحین آن از طرف مسجد بالاسر و ورودی امامزاده حمزه برداشته شد و به مجموعه عبدالعظیم ملحق و به شبستانی از مجموعه شبستانهای حرم عبدالعظیم تبدیل شد. امروزه به جز قبر جیران و محمد قاسم میرزا و یکی از دختران ناصرالدینشاه و احتمالا پسر کامران میرزا، سنگ سایر منتسبین به قاجار برداشته شده و اشخاص جدیدی در مقبره ناصری مدفون شدند و نشانی از دیگران مدفون در آن موجود نیست. علاوهبر این، در ساخت و سازهای جدید حرم عبدالعظیم، صحن آیتالله کاشانی فعلی و باغ جیران سابق مسقف شده و برای همین پیشروی، سازه گنبد ناصری از پایین دیگر قابل رؤیت نیست.
مهدی شادکام که پیشتر به جانمایی حدودی قبر ناصرالدینشاه با توجه به از بین رفتن تمام شواهد، اشارههایی کرده بود، همچنین چندی پیش با انتشار عکسی در فضای مجازی از سنگنوشته جدید قبر ناصرالدینشاه خبر داد که در آستانه صدوبیستوهفتمین سالروز ترور ناصرالدین شاه، نام او به مانند دیگر مدفونین روی یکی از سنگهای حرم عبدالعظیم نوشته شده است.
پس از انتشار این عکس، اما گویا مدتی بعد سنگنوشته پاک میشود.
براساس توضیحات این پژوهشگر مستند به اظهارات خطاط، پس از خطاطی نام ناصرالدینشاه که (ظاهرا) با موافقت تولیت برای حجاری انجام شده بود، خط مخدوش شده و به دلیل حاشیههای ایجادشده قرار شده است فعلا نامی نوشته نشود. هرچند «در کل، ماجرا روالی قانونی داشته و هیچ عمل خارج از قواعد خودسری در نوشته شدن نام ناصرالدینشاه بر سنگ قبرش طی نشده است.»
ایسنا در تماس با «روابط عمومی آستان حضرت عبدالعظیم (ع)» پیگیر ماجرا و دریافت توضیحات بیشتر است که به محض دریافت توضیح احتمالی، منتشر خواهد شد.
در سالهای گذشته، حضور شخصیت ناصرالدینشاه در چند سریال تلویزیونی و شبکه نمایش خانگی، نام او را بیش از دیگر پادشاهان قاجاریه نزد عموم مطرح کرد.